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如何從蒼蠅(昆蟲)中提取DNA

作者:新景實驗室
版權說明:本文系原創(chuàng)文章 轉載請標注出處和本文鏈接

實驗室飛進了一只蒼蠅,被抓住后想起有用戶咨詢果蠅DNA提取相關的問題,于是這只倒霉的蒼蠅就變成了實驗材料,用于測試從昆蟲中提取DNA的效果。

實驗材料:新鮮存活的蒼蠅、研磨棒、動物組織DNA試劑盒(simgen,Cat.No.3101050、植物DNA試劑盒(simgenCat.No.3201050

實驗方法:

本次實驗用手術刀將一只蒼蠅均分為兩半,分別嘗試了用Simgen動物組織DNA試劑盒植物DNA試劑盒提取DNA。

動物組織DNA試劑盒提取步驟

1. 半只蒼蠅(約70 mg置于1.5 ml離心管中,入180 μl Buffer AT,用研磨棒直接在離心管中充分研磨、搗碎;

2. 加入20 μl蛋白酶K貯存液,56℃水浴10分鐘,期間漩渦振蕩數(shù)次幫助組織溶解;

3. 加入200 μl Buffer SL,旋渦振蕩約15秒混勻,將離心管置于70℃水浴10分鐘;

4. 13000 rpm離心1分鐘,將上清轉移到裝有200 μl無水乙醇的1.5 ml 離心管中,混勻;

5. 將混合液轉移到核酸純化柱中,離心去濾液;

6. 依次用500 μl Buffer WA600 μl Buffer WB洗滌;

7. 100 μl 56℃溫育的Buffer TE洗脫DNA;

8. 在微量紫外分光光度計上測量DNA的濃度;

9. 瓊脂糖凝膠電泳。

植物DNA試劑盒提取步驟

1. 半只蒼蠅(約70 mg置于1.5 ml離心管中,加入500 μl Buffer PL,用研磨棒直接在離心管中充分研磨;

2. 65℃水浴10分鐘,期間每隔2~3分鐘翻轉離心管數(shù)次以幫助DNA釋放;

3. 加入350 μl Buffer K,蓋上管蓋,用力搖晃15秒,漩渦振蕩30秒,13000 rpm離心5分鐘;

4. 將上清液轉移到核酸純化柱中,離心去濾液;

5. 依次用500 μl Buffer WA600 μl Buffer WB洗滌;

6. 100 μl 65℃溫育的Buffer TE洗脫DNA

7. 在微量紫外分光光度計上測量DNA的濃度;

8. 瓊脂糖凝膠電泳。

實驗結果:

1、 在微量紫外分光光度計上用Buffer TE調零,測量洗脫下來的DNA,結果如下,
simgen-動物組織DNA試劑盒-植物DNA試劑盒-洗脫下來的DNA測量結果圖

 

圖一的數(shù)據(jù)上可以看出植物DNA試劑盒提取到的核酸樣品濃度要遠遠低于動物組織DNA試劑盒提取到的樣品濃度,10倍的濃度差異!不過動物組織DNA試劑盒提取到的樣本260/280達到2.0以上,懷疑其中的RNA殘留比較多,作進一步電泳分析。

 

2、 1%的瓊脂糖凝膠上,加入5 μl提取到的DNA,電泳15 min,結果如下,
simgen-動物組織DNA試劑盒-植物DNA試劑盒-電泳圖


分析與討論:

經過電泳的進一步分析,我們得出了一些很有價值的結論和推斷:

1. Simgen動物組織DNA試劑盒和植物DNA試劑盒都能提取到昆蟲的DNA。但出乎意料的是,植物DNA試劑盒提取到的DNA純度更好,表現(xiàn)在RNA殘留很少。

2. 動物組織DNA試劑盒方法獲得的DNA電泳檢測觀察到有一團異常明顯的拖尾,由于樣本是鮮活的蒼蠅,可以推斷是大量的RNA殘留。因此用動物組織DNA試劑盒提取鮮活處死的昆蟲時,必須添加RNase ASimgen Cat.No.: 8001001處理,以除去RNA殘留的干擾。

3. 至于植物DNA試劑盒方法獲得的DNA僅含少量的RNA,其原因推斷如下:植物DNA試劑盒的方法在65℃處理時,昆蟲體內內源性的RNA酶未被失活,RNA降解得比較充分,因而RNA殘留較少;而動物組織DNA試劑盒在加入蛋白酶K消化蛋白的過程中(56℃水浴),同步也滅活了昆蟲體內內源性的RNA酶,所以殘留了大量的未充分降解的RNA。

4. 再次驗證了單憑分光光度計估算核酸濃度是不可靠的,有必要用電泳進行復核。

果蠅是遺傳學研究中常用的模式生物之一,是生物學研究中的重要材料。隨著分子生物學的發(fā)展,現(xiàn)代遺傳學研究中很多都需要提取果蠅的DNA。果蠅和蒼蠅都屬于昆蟲綱雙翅目,形態(tài)上也非常接近,既然我們測試的方法能從蒼蠅中提取到DNA,那么理論上也能從果蠅中提取到DNA。但需要注意的是,1只果蠅的質量大約只有1 mg,半只蒼蠅(質量約70 mg)能提取到大約10 μg DNA,那么從單只果蠅中提取到的DNA可能會少于1μg,如果需要大量DNA的話,需要多只果蠅一起提取。

                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 Simgen實驗室