前幾日，小編拿出之前提取的DNA想要做實(shí)驗(yàn)，測(cè)濃度時(shí)發(fā)現(xiàn)其OD₂₆₀值比之前測(cè)得的數(shù)值明顯升高，嚴(yán)謹(jǐn)?shù)男【幑麛嗄弥鴺颖救ヅ芰穗娪荆Y(jié)果發(fā)現(xiàn)電泳條帶拖尾明顯。我們都知道，電泳條帶拖尾無(wú)非兩個(gè)原因：一是目的DNA降解拖尾；二是RNA的降解拖尾。小編手中的DNA樣本是試劑盒提取的質(zhì)粒DNA，所以我們幾乎可以確定造成這個(gè)現(xiàn)象的原因是DNA出現(xiàn)了降解。

OD₂₆₀吸收值增加和DNA降解有什么必然的聯(lián)系嗎？隨即小編又用DNA純化試劑盒（Simgen Cat. No. 2101050）把這可能是降解的DNA樣本重新進(jìn)行純化，重測(cè)樣本的OD₂₆₀值明顯變小了（不是通常的變小10%左右，而是變小了30%以上）。小編忍不住開(kāi)始猜想：很有可能是降解的小片段DNA在起作用，因?yàn)?/span>DNA純化試劑盒不能有效地回收小于100 bp的DNA片段。于是小編迫不及待地設(shè)計(jì)了一個(gè)簡(jiǎn)單的實(shí)驗(yàn)：

樣本：新鮮提取的細(xì)菌基因組DNA

設(shè)備：水浴鍋、恒溫培養(yǎng)箱、微量紫外分光光度計(jì)(simgen)、移液器等。

實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：將樣本按50μl/支分裝在1.5ml離心管中，蓋上管蓋，分別放置在-20℃冰箱、37℃恒溫箱以及56℃水浴鍋中，每隔相同的時(shí)間用紫外分光度計(jì)測(cè)定它們的濃度、并記錄，最后進(jìn)行電泳。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如表一：

表一：相同初始濃度DNA在不同溫度下溫育后的濃度

電泳圖譜如下：

1號(hào)為-20℃保存5h

2號(hào)為37℃溫育5h

3號(hào)為56℃溫育5h

1.0%TAE凝膠電泳20min

從上圖可以看出，1號(hào)和2號(hào)亮度差別不明顯，3號(hào)最暗，但是由表一可得56℃溫育后的DNA濃度最高。理論上56℃溫育后的濃度最高，那么電泳條帶也應(yīng)該最亮，但是為什么測(cè)得的濃度和電泳圖卻對(duì)不上呢？我們猜想：這是因?yàn)?/span>DNA降解后，長(zhǎng)的基因組DNA變少導(dǎo)致的，但是3號(hào)的拖尾帶也并未變亮，可能是因?yàn)樵诟邷叵聲r(shí)間過(guò)長(zhǎng)而導(dǎo)致DNA被降解成極短片段的核酸甚至單核苷酸，所以其熒光產(chǎn)率也相對(duì)較低而導(dǎo)致拖尾變暗。

為了驗(yàn)證以上猜想，小編立馬查找相關(guān)文獻(xiàn)，并獲得了極有價(jià)值的以下內(nèi)容：

表二：不同核酸260 nm處1 OD吸光值的濃度

小編最后還特意拿了PCR引物（小片段單鏈核酸）及dNTPs（單核苷酸）測(cè)OD₂₆₀值，發(fā)現(xiàn)還真有吸收值，并且非常高。這似乎充分說(shuō)明了為什么DNA放置過(guò)長(zhǎng)時(shí)間或反復(fù)凍融后濃度變高的原因：DNA降解導(dǎo)致OD₂₆₀值變大。推而廣之，既然小片段核酸、單鏈核酸對(duì)OD₂₆₀值都有很大的貢獻(xiàn)，那么PCR產(chǎn)物、降解DNA及酶切產(chǎn)物等就都不能單純的用測(cè)OD值的方法來(lái)估算其濃度了，因?yàn)樗鼈兓蚨嗷蛏俣己衅渌∑?/span>DNA。

看來(lái)光憑OD₂₆₀的吸收值的方法來(lái)判定核酸濃度并不可靠，因?yàn)樽贤夥止夤舛扔?jì)測(cè)出的值包含了所有長(zhǎng)度和類型的核酸，即包括降解的短片段核酸、單鏈核酸及RNA等，想準(zhǔn)確判斷核酸濃度應(yīng)該以紫外分光光度計(jì)測(cè)值和電泳相結(jié)合進(jìn)行分析。