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細(xì)菌16SrDNA菌種鑒定

一鍵復(fù)制產(chǎn)品信息
16SrDNA鑒定是指用利用細(xì)菌16SrDNA序列測序的方法對細(xì)菌進行種屬鑒定
包括細(xì)菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細(xì)菌種屬信息的方法。


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細(xì)菌16SrDNA菌種鑒定

16SrDNA鑒定是指用利用細(xì)菌16SrDNA序列測序的方法對細(xì)菌進行種屬鑒定。包括細(xì)菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產(chǎn)物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細(xì)菌種屬信息的方法。


16SrDNA定義

細(xì)菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數(shù)分為3種，分別為5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是細(xì)菌染色體上編碼16S rRNA相對應(yīng)的DNA序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。


為什么選用16SrDNA進行細(xì)菌鑒定？

16S rDNA是細(xì)菌的系統(tǒng)分類研究中最有用的和最常用的分子鐘，其種類少，含量大（約占細(xì)菌RNA含量的80％），分子大小適中，存在于所有的生物中，其進化具有良好的時鐘性質(zhì)，在結(jié)構(gòu)與功能上具有高度的保守性，素有“細(xì)菌化石”之稱。在大多數(shù)原核生物中rDNA都具有多個拷貝，5S、16S、23S rDNA的拷貝數(shù)相同。16S rDNA由于大小適中，約1.5Kb左右，既能體現(xiàn)不同菌屬之間的差異，又能利用測序技術(shù)較容易地得到其序列，故被細(xì)菌學(xué)家和分類學(xué)家接受。

1、16S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 參與生物蛋白質(zhì)的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長歷程中保持不變，可看作為生物演變的時間鐘。

2、在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列區(qū)域，又有中度保守和高度變化的序列區(qū)域，因而它適用于進化距離不同的各類生物親緣關(guān)系的研究。

3、16S rRNA 的相對分子量大小適中，約1540個核苷酸，便于序列分析。

4、可變區(qū)序列因細(xì)菌不同而異，恒定區(qū)序列基本保守，所以可利用恒定區(qū)序列設(shè)計引物，將16S rDNA片段擴增出來，利用可變區(qū)序列的差異來對不同菌屬、菌種的細(xì)菌進行分類鑒定。


細(xì)菌16SrDNA文庫構(gòu)建

使用PCR方法擴增特定環(huán)境樣品中混合細(xì)菌16SrDNA，使用TA克隆方法構(gòu)建細(xì)菌16SrDNA文庫，挑選陽性克隆測定細(xì)菌16SrDNA部分序列，并與GenBank中已知序列進行同源性比較，獲得特定環(huán)境中的細(xì)菌菌落結(jié)構(gòu)和細(xì)菌多樣性信息。


細(xì)菌16SrDNA菌種鑒定技術(shù)服務(wù)

1、送樣要求

若提供平板、甘油菌或穿刺菌，請注明培養(yǎng)條件，菌種培養(yǎng)需特殊培養(yǎng)基的請?zhí)峁┡囵B(yǎng)基；請確保您提供的平板或斜面上的單菌落經(jīng)過至少三次的分離純化。因?qū)嶒灅悠凡患冊斐傻臏y序套峰，我們將收取全額的實驗費用。

若提供基因組樣品，請確保其濃度≥10ng/μl ，總體積≥50μl ，樣品定量檢測結(jié)果將以我們?yōu)闇?zhǔn)。

若提供菌株為革蘭氏陽性菌，建議您提供基因組DNA。

我們不接受有致病性樣品。如果您的菌株帶有致病性，請?zhí)峁┰摼甑幕蚪MDNA，并對其進行處理以滅活致病菌。

 

2、實驗周期

10-15天

 

3、收費標(biāo)準(zhǔn)

咨詢本公司

 

4、提供結(jié)果

（1）實驗報告，包括實驗流程，PCR產(chǎn)物電泳圖、進化樹結(jié)果等

（2）測序峰圖文件

（3）序列文件

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