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如何從唾液中提取RNA

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
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隨著基因健康體檢的普及,獲取人的DNA從最常見(jiàn)的血液中DNA提取,逐步改為從口腔拭子中提取,最后變成了從唾液中提取DNA。相應(yīng)的,獲取人的RNA也提出新的需求,希望從血液中提取改為從唾液中提取。

看似簡(jiǎn)單的一個(gè)樣本變換需求,RNA的提取難度上卻大大地提高了。

首先,唾液是一個(gè)含大量細(xì)菌的混合液,1 ml唾液大約含1億個(gè)細(xì)菌,其次唾液中還含有大量的消化酶(最討厭的是含有RNA酶)、溶菌酶、免疫球蛋白、各種無(wú)機(jī)鹽離子以及白細(xì)胞、口腔脫落細(xì)胞、甚至包括病毒。在這一堆混合物中,真正我們所需要的是口腔脫落細(xì)胞及白細(xì)胞中的RNA,如何躲避RNA酶的攻擊,去除基因組DNA,提高RNA的回收效率,是提取唾液中RNA的三大難點(diǎn)。

針對(duì)上述難點(diǎn),我們逐一采取了相應(yīng)的應(yīng)對(duì)措施

1. 由于唾液中富含RNA酶,收集的唾液如果用于RNA提取必須立即滅活RNA酶,不能像血液一樣放置幾小時(shí)后再提取RNA。所以我們特別選擇了配套的唾液采集器,采集唾液后可立即混入裂解液,終止RNA酶的活性。

2. 由于基因組DNA比RNA更長(zhǎng),更粘稠,所以可以用特殊的過(guò)濾柱過(guò)濾唾液的裂解物,高效除去基因組DNA,卻不損失RNA的數(shù)量。

3. 如果從唾液中富集口腔脫落細(xì)胞或白細(xì)胞,必定會(huì)增加操作步驟,延長(zhǎng)RNA酶攻擊RNA的時(shí)間,因此我們采取的方案是盡可能大體積地一次性提取RNA,但是由于RNA含量低,醇沉淀RNA根本不可行,所以采用核酸純化柱富集、純化RNA。

現(xiàn)將設(shè)計(jì)的唾液RNA提取方法公布如下:



我們用微量分光光度計(jì)來(lái)估計(jì)我們獲得的2個(gè)唾液中RNA的質(zhì)量:


總體來(lái)說(shuō)OD260/OD280接近2.0,純度很好,但是OD260/OD230比值很低,可能有鹽分殘留,但也不排除因?yàn)?/span>RNA濃度低,OD260 嚴(yán)重偏小所造成的假象。

用上述提取的唾液RNA擴(kuò)增下β-actin,效果還是不錯(cuò)的:


最后要補(bǔ)充的是,由于RNA的總量還不到1μg,在提取唾液RNA的過(guò)程中可以添加適量的Carrier RNA, 以提高最終RNA的回收效率。