前段時(shí)間，實(shí)驗(yàn)室的一瓶未使用過的 YPD 培養(yǎng)基發(fā)現(xiàn)染菌了，出現(xiàn)了一大朵類似蘑菇的真菌，形態(tài)奇異。想著好好的培養(yǎng)基不能白白浪費(fèi)了，要讓這偷吃的真菌付出代價(jià)，于是小新決定提取這個(gè)未知真菌的 DNA。（另外，對(duì)這種真菌有所了解的小伙伴可以在評(píng)論區(qū)留言，讓小新知道這個(gè)可惡的家伙叫什么。）
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/strong>
提取未知真菌的 DNA。
二、實(shí)驗(yàn)步驟：
使用Simgen植物DNA試劑盒提取污染YPD 培養(yǎng)基的未知真菌。（具體詳見說(shuō)明書）
三、實(shí)驗(yàn)樣本：
污染YPD 培養(yǎng)基的未知真菌。
四、實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
（一）DNA 提取環(huán)節(jié)
1.在超微量分光光度計(jì)上用 Buffer TE 調(diào)零，測(cè)量提取好的 DNA，結(jié)果如下：
2.在 1%的瓊脂糖凝膠上，加入 5 μl 提取到的 DNA，電泳 15 分鐘，結(jié)果如下：
從濃度測(cè)量結(jié)果分析可知，植物/真菌 DNA 提取試劑盒成功提取出了未知真菌的 DNA，且濃度頗高。但是 A260/A280 比值達(dá)到 2.00，推測(cè)提取的 DNA 里面含有大量 RNA 或者降解的 DNA。經(jīng)電泳圖驗(yàn)證，確實(shí)存在大量拖帶，與測(cè)量所得數(shù)據(jù)相符合。
（二）DNA 處理純化環(huán)節(jié)
1.在超微量分光光度計(jì)上用 Buffer TE 調(diào)零，測(cè)量提取好的 DNA，結(jié)果如下：
表二：經(jīng) RNase A 處理過的未知真菌的 DNA 濃度
2.在 1%的瓊脂糖凝膠上，加入 5 μl 提取到的 DNA 電泳 25 分鐘，結(jié)果如下：
對(duì)比表二和表一數(shù)據(jù)可以看到，經(jīng)過RNase A 處理后 DNA 溶液的濃度減少了 10 倍以上，說(shuō)明之前提取的 DNA 中含有大量的 RNA。從電泳圖可以看到，經(jīng)過 RNase A 處理后，拖帶變少了，這是因?yàn)槠渲械拇罅?RNA 被降解去除了。但是拖帶情況仍舊存在，說(shuō)明其中含有一部分降解的 DNA。
1.本次實(shí)驗(yàn)成功提取到了未知真菌樣本的 DNA，從圖二可以明顯看到，雖然有部分降解，但提取的 DNA 主帶清晰可見。
2.對(duì)比樣本 1 和樣本 2 的數(shù)據(jù)可以看到，兩管樣本的 DNA 濃度相差了 2 倍左右，推測(cè)可能是因?yàn)檠心r(shí)該真菌樣本中存在較多的顆粒物質(zhì)，在提取步驟3 轉(zhuǎn)移到離心管時(shí)，第一個(gè)樣本吸取的大多是上清液，第 2 個(gè)樣本吸取了較多底部的這種顆粒，使得兩管樣本最后提取的 DNA 數(shù)據(jù)相差較大。
3.從表一和表二數(shù)據(jù)分析可知，該未知真菌提取的 DNA 中含有大量的 RNA，占了總濃度的 90%以上，相對(duì)來(lái)說(shuō) DNA 含量比較少，平均 500 mg 樣本中只有約 5.7 μg DNA。這也是真菌樣本（比如酵母）的共通點(diǎn)：DNA 含量較少而RNA 含量高，因此建議大家在提取真菌時(shí)盡可能的多加樣本，確保能提到足夠的 DNA，并且在提取步驟 3 中補(bǔ)加 RNase A 儲(chǔ)存液（Simgen Cat. No. 8001001）用以消化 RNA。
