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作為一個(gè)基因檢測公司如何選擇一個(gè)好的唾液采集器

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請標(biāo)注出處和本文鏈接

這是一個(gè)基因檢測公司在知乎上發(fā)布的帖子,跟帖的人很多,但是回答簡單而空泛,并不能切中要害。“好”的概念是什么?很多跟帖者認(rèn)為國外的就是好的,也有很多人執(zhí)著于唾液采集器本身是否無菌。到底基因檢測公司應(yīng)該選擇什么樣的采集器呢?或者說我們應(yīng)該從哪幾個(gè)方向判斷唾液采集器的好壞?

判斷一個(gè)采集器的好壞主要有四個(gè)內(nèi)容:唾液DNA能否在室溫長期維持穩(wěn)定、從固定的單位體積唾液樣本中獲取DNA的效率和數(shù)量、純化DNA的步驟的簡便性以及性價(jià)比,下面我們將根據(jù)這四個(gè)內(nèi)容做具體闡述。

1. 最關(guān)鍵的問題 :維持唾液樣本穩(wěn)定性,也就是如何預(yù)防DNA降解?

唾液中貢獻(xiàn)DNA的來源主要是脫落的口腔上皮細(xì)胞和白細(xì)胞,所以通過唾液采集DNA之前需要用舌頭攪動口腔壁,保證有更多的上皮細(xì)胞摻入到唾液中。把唾液收集后如果不做任何處理,只要室溫放置幾小時(shí),唾液中的DNA就會開始產(chǎn)生降解,電泳檢測提取到的DNA會觀察到有比較嚴(yán)重的拖尾現(xiàn)象出現(xiàn)。其主要原因是DNA唾液自源性的DNA酶降解,當(dāng)然還有部分原因是唾液中帶的細(xì)菌增殖后分泌的DNA酶降解了DNA

如下圖3、4泳道,就是唾液室溫放置了3小時(shí)后提取的DNA電泳圖,1、2泳道和5、6泳道則是唾液室溫放置了1小時(shí)后提取的DNA電泳圖。

Simgen-唾液DNA采集器-DNA電泳圖

解決方案: 酶失活,穩(wěn)定DNA。

既然是酶降解了DNA,問題也很好解決,滅活酶的試劑都可以添加,醇類、酚類、去垢劑、防腐劑等等,總之涉及蛋白變性的試劑都可以用——讓酶失活,DNA就穩(wěn)定下來了。當(dāng)然蛋白變性劑也會殺死唾液中的細(xì)菌,順帶就起到滅菌作用。Simgen唾液采集器添加唾液穩(wěn)定劑,與唾液混合后,室溫放置一年,提取的DNA仍然保持非常好的完整性,未觀察到有嚴(yán)重的拖尾現(xiàn)象。

對于采集器塑料件做滅菌處理的辦法,在我看來其實(shí)是沒有必要的。因?yàn)橥僖褐斜旧砭秃写罅康募?xì)菌,我們呼吸說話的時(shí)候都會從空氣中吸入很多細(xì)菌。所以,采集器塑料件是否無菌不是關(guān)鍵,關(guān)鍵的還是配套在采集器中的唾液保存液。

2. 固定體積的唾液樣本中提取到的DNA效率及數(shù)量。   

關(guān)于獲得的DNA量(濃度)的問題,我們在新景實(shí)驗(yàn)室的科普文章中多次提到,最終獲取的DNA的量取決于樣本中的細(xì)胞數(shù)量。人的唾液中的DNA含量主要是由唾液中脫落的口腔上皮細(xì)胞數(shù)量決定的,而非唾液采集器決定。一些唾液采集器的廠家拋開起始唾液樣本的用量大談最終獲得DNA的濃度,實(shí)在是一種不負(fù)責(zé)任、且不科學(xué)的誤導(dǎo)用戶的行為。

1 ml 普通的唾液大概有0.54×106個(gè)白細(xì)胞和口腔上皮細(xì)胞,1.51×105個(gè)口腔上皮細(xì)胞才含1 μg DNA(這個(gè)計(jì)算方法可以參考之前的科普文章,一個(gè)細(xì)胞含多少DNA"),所以1 ml 唾液中只有大概4 μg DNA,如果我們努力地?cái)D壓我們的臉頰——順帶擠出更多的口腔上皮細(xì)胞,最多也就增加個(gè)3-4倍的細(xì)胞數(shù)量,那么就是1 ml唾液中最多含12-16 μg DNA

過柱法和磁珠法是公認(rèn)的高純度DNA提取方法,但不可否認(rèn)的缺陷是一次性純化的樣本量太小,比如柱子一次通過的溶液量大概最多是800 μl,市面上其他常見過柱方法只能從唾液采集器中吸取200 μl 混合液由于通常唾液采集器是2 ml唾液+2 ml 唾液保存液,實(shí)際只相當(dāng)于吸取了100 μl 唾液),再加結(jié)合液和乙醇體積就接近800 μl了,過柱一次只能提取到1-2 μg DNA;就算過柱兩次,翻倍也最多只能提取到4 μg DNA;磁珠法的孔比過柱法大一些,1.6 ml,原理卻是一樣的。2-4 μg DNA溶解到50-100 μl TE溶液中,大家估算一下,這兩種方法最終提取到的DNA只能在30-50 ng/μl的范圍,這個(gè)結(jié)果非常正常。一些唾液采集器廠家于是就在DNA濃度上大做文章:實(shí)際上就是把唾液樣本的用量擴(kuò)大到1-2 ml,用非常繁瑣的沉淀法提取DNA,再把DNA溶解到50-100 μl TE溶液中,結(jié)果是DNA的濃度是上去了;但在DNA的純度,操作的簡便性上根本沒有什么可取性。

解決方案: 將唾液保存液DNA釋放液組合到一起,減少唾液的稀釋比例,達(dá)到一次性從更大體積的唾液樣本中提取DNA的目的。

Simgen采用將唾液保存液和DNA釋放液組合到一起的技術(shù)(試劑配方保密),做到了每過純化柱一次相當(dāng)于從400 μl 唾液中提取到3-7 μg DNA, 如果過柱兩次則可以800 μl 唾液中提取到6-15 μg DNA,溶解在100 μl TE中,濃度就是60-150 ng/μl,不僅能滿足通常的PCR擴(kuò)增需求,還能滿足基因芯片檢測和高通量測序DNA的要求。

3. DNA操作方法的簡便性。

完成一次提取需要多少時(shí)間?節(jié)約時(shí)間成本也是在節(jié)約人力成本。沉淀法:效率低,純度差,并且1個(gè)樣本提取DNA操作時(shí)間至少1小時(shí)以上 ,看相關(guān)的網(wǎng)站介紹提取DNA的過程1小時(shí)都不止。市面上一般的過柱法、磁珠法提取唾液DNA,1個(gè)樣本提取DNA操作時(shí)間至少也要花40分鐘以上的時(shí)間。

解決方案: 10分鐘完成一次DNA提取

Simgen采用獨(dú)特過柱法,2個(gè)樣本提取DNA的操作時(shí)間只需10分鐘??匆幌?/span>操作步驟是怎么做到的

(1) 800 μl唾液與唾液保存液的混合物13000 rpm離心1 min(沉淀去除食物殘?jiān)炔蝗菸铮?/span>

(2) 上清液過柱,12000 rpm離心30 s

(3) Bμffer WA清洗一次,12000 rpm離心30 s

(4) Bμffer WB清洗一次,12000 rpm離心30 s

(5) 14000 rpm空離1 min

(6) Bμffer TE洗脫,12000 rpm離心30 s

(7) DNA提取完成

是不是有耳目一新的感覺,如果感興趣,可以點(diǎn)擊

http://v.youku.com/v_show/id_XMzEwOTU2OTcwOA==.html?spm=a2h3j.8428770.3416059.1

觀看Simgen唾液DNA提取的視頻

4. 價(jià)格(性價(jià)比),拋開前3點(diǎn)談價(jià)格也是無意義的。

價(jià)格是基因檢測公司非常關(guān)注的,但是價(jià)格低的產(chǎn)品不一定性價(jià)比高,在考慮性價(jià)比的時(shí)候一定要將產(chǎn)品質(zhì)量、時(shí)間成本和人力成本計(jì)算進(jìn)去,一味地追求價(jià)廉而忽略產(chǎn)品的質(zhì)量是不可取的。

解決方案:根據(jù)需求不同,定制不同價(jià)位的唾液采集器。

Simgen通過多向比較,優(yōu)選了兩款不同的采集器,當(dāng)然其中的唾液保存試劑是完全一樣的,后期核酸純化操作也完全一樣,唯一的不同在于唾液采集器本身的構(gòu)造和使用方法,可供不同價(jià)格需求的檢測公司選擇。

所以優(yōu)秀唾液采集器應(yīng)該是和后續(xù)的DNA純化試劑完美結(jié)合在一起的,關(guān)鍵要看以下幾個(gè)指標(biāo): 穩(wěn)定DNA的時(shí)間足夠長、單位體積唾液樣本量提取DNA足夠大,提取DNA操作步驟足夠簡便并且性價(jià)比高。