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未知物種尾部組織的鼠源性鑒定

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說(shuō)明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接

一、材料:

1. 樣品:送檢尾部組織客戶(hù)提供。

2. 動(dòng)物組織DNA試劑盒(Simgen,Cat.No.3101050

3. PCR擴(kuò)增試劑、引物、探針為杭州新景生物試劑開(kāi)發(fā)有限公司自配或委托上海生工生物技術(shù)有限公司合成。

4. PCR儀:ABI PRISM® 7500 Sequence DeteCtion System

5. 離心機(jī):Thermo Biofuge pico

二、方法:

1. Simgen動(dòng)物組織DNA試劑盒分離純化樣本中的DNA。

2. 按下列組分配制PCR檢測(cè)試劑( 40 μl反應(yīng)體系)

Master Mix(2×)              20.0 μl

上游引物FP                1.0 μl

下游引物RP                1.0 μl

探針Probe                  0.5 μl

50× ROX                   0.8μl

ddH2O                     11.7 μl

向每個(gè)PCR反應(yīng)管中加入35 μl反應(yīng)混合液,再加入5μl分離純化的DNA進(jìn)行qPCR檢測(cè)。

注:陽(yáng)性對(duì)照用實(shí)驗(yàn)室保藏的鼠肌肉DNA作為模板,陰性對(duì)照用ddH2O作為模板。

3. PCR循環(huán)條件設(shè)置: 95℃ 1 min→40×95℃ 15s→60℃ 30s

三、結(jié)果判定:

1.有效性原則

陰性對(duì)照:無(wú)FAM熒光信號(hào)檢出,未出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線(xiàn)。

陽(yáng)性對(duì)照:有FAM熒光信號(hào)檢出,并出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線(xiàn)。

以上要求必須同時(shí)滿(mǎn)足,否則本次檢測(cè)無(wú)效。

結(jié)果:

1. 送檢樣本中的尾部組織DNA通過(guò)鼠的特異性熒光探針擴(kuò)增檢測(cè)呈陽(yáng)性,判斷樣本的物種為鼠。

2. 結(jié)果分析:

1) 本次尾部組織樣本提取了兩管DNA,編號(hào)為Sample 1Sample 2經(jīng)PCR擴(kuò)增均陽(yáng)性,Ct分別16.10516.524,陽(yáng)性對(duì)照的Ct分別16.35816.596,陰性對(duì)照未起線(xiàn)。

2) 從樣本DNA電泳發(fā)現(xiàn),樣本的DNA保存較為完整,應(yīng)該是尾部組織水分少,腐敗情況不嚴(yán)重。

 送檢動(dòng)物尾部組織Ct值報(bào)告:

 

送檢動(dòng)物尾部組織樣本的熒光定量PCR擴(kuò)增曲線(xiàn):

送檢動(dòng)物尾部組織DNA電泳圖:


如圖所示,其中
MDL2000Marker, 泳道1、2為送檢樣本DNA,泳道34是實(shí)驗(yàn)室保藏的小鼠肌肉組織DNA。